결핵 진단 및 약물 저항 감지를위한 새로운 무기 : 결핵 과민증 진단을위한 기계 학습과 결합 된 새로운 세대 표적 시퀀싱 (TNG)
문헌 보고서 : CCA : 박테리아 결핵 및 결핵성 수막염이 적은 사람들에게 적합한 TNG 및 기계 학습에 기반한 진단 모델.
논문 제목 : 결핵성 표적 차세대 시퀀싱 및 머신 러닝 : 부패성 폐 관형 및 관형 수막염에 대한 매우 민감한 진단 전략.
정기 간행물 : ica Clinica Chimica Acta》
if ： 6.5
출판일 : 2024 년 1 월
Macro & Micro-Test는 중국 과학 아카데미 및 베이징 흉부 병원과 결합하여 TNG (Targeted Sequencing) 기술 및 기계 학습 방법을 기반으로 한 결핵 진단 모델을 설립했습니다. 박테리아와 결핵성 수막염이 거의없는 결핵에 대한 감지 감도는 두 가지 유형의 임상 진단을위한 새로운 과민증 진단 방법을 제공했습니다. 결핵, 정확한 진단, 약물 내성 검출 및 결핵 치료에 도움이되었습니다. 동시에, 환자의 혈장 CFDNA는 TBM 진단에서 임상 샘플링에 적합한 샘플 유형으로 사용될 수 있음이 밝혀졌다.
이 연구에서, 227 개의 혈장 샘플 및 뇌척수액 샘플을 사용하여 실험실 진단 코호트 샘플을 결핵 진단의 기계 학습 모델을 확립하는 데 사용되었으며 임상 진단 코호트 샘플을 사용하여 확립 된 것을 확인하는 데 사용되었습니다. 진단 모델. 모든 샘플은 먼저 Mycobacterium tuberculosis를위한 특수 설계된 표적 캡처 프로브 풀에 의해 표적화되었습니다. 그런 다음 TB-TNGS 시퀀싱 데이터에 기초하여, 의사 결정 트리 모델은 실험실 진단 대기열의 훈련 및 검증 세트에서 5 배 교차 검증을 수행하는데 사용되며, 혈장 샘플 및 뇌척수 유체 샘플의 진단 임계 값이 얻어진다. 획득 된 임계 값은 탐지를 위해 두 가지 시험 세트의 임상 진단 대기열로 가져 오며, 학습자의 진단 성능은 ROC 곡선으로 평가됩니다. 마지막으로 결핵의 진단 모델이 얻어졌습니다.
그림 1 연구 설계의 개략도
결과 :이 연구에서 결정된 CSF DNA 샘플 (AUC = 0.974) 및 혈장 CFDNA 샘플 (AUC = 0.908)의 특정 임계 값에 따르면, 227 개의 샘플 중 CSF 샘플의 민감도는 97.01%, 특이도는 95.65%였으며. 혈장 샘플의 감도 및 특이성은 82.61% 및 86.36%였다. TBM 환자의 혈장 CFDNA 및 뇌척수액 DNA의 44 개 쌍 샘플의 분석에서,이 연구의 진단 전략은 혈장 CFDNA 및 뇌척수액 DNA에서 90.91% (40/44)의 일관성이 높고 감도는 95.45%입니다. (42/44). 폐 결핵이있는 소아에서,이 연구의 진단 전략은 동일한 환자의 위 주스 샘플의 Xpert 검출 결과보다 혈장 샘플에 더 민감하다 (28.57% 대 15.38%).
그림 2 집단 샘플에 대한 결핵 진단 모델의 분석 성능
그림 3 쌍 샘플의 진단 결과
결론 : 결핵에 대한 과민성 진단 방법 이이 연구에서 확립되었으며, 이는 올리고 바실리 결핵 (음성 배양)을 가진 임상 환자에게 가장 높은 검출 민감도를 가진 진단 도구를 제공 할 수 있습니다. 혈장 CFDNA에 기초한 과민성 결핵의 검출은 활성 결핵 및 결핵성 수막염의 진단에 적합한 샘플 유형 일 수있다 (혈장 샘플은 뇌 결핵으로 의심되는 환자의 뇌척수액보다 수집하기가 더 쉽다).
원본 링크 : https://www.scienceirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? %3dihub를 통해
매크로 및 미세 테스트 결핵 시리즈 검출 제품의 간단한 소개
결핵 환자의 복잡한 샘플 상황과 다양한 요구를 고려하여, 매크로 및 마이크로 테스트는 가래 샘플, Qualcomm 라이브러리 구성 및 시퀀싱 및 데이터 분석으로부터 액화 추출을위한 완전한 NGS 솔루션 세트를 제공합니다. 이 제품은 결핵 환자의 신속한 진단, 결핵의 약물 내성 검출, Mycobacterium tuberculosis 및 NTM의 입력, 박테리아 음성 결핵 및 결핵의 사람 등의 과민증 진단을 다룹니다.
결핵 및 마이코 박테리아에 대한 연속 검출 키트 :
| 항목 번호 | 제품 이름 | 제품 테스트 컨텐츠 | 샘플 유형 | 해당 모델 |
| HWTS-3012 | 샘플 릴리스 에이전트 | 가래 샘플의 액화 처리에 사용 된 Sutong Machinery Equipment 20230047 인 일류 기록 번호를 얻었습니다. | 담 | |
| HWTS-NGS-P00021 | 과민성 결핵에 대한 Qualcomm 수량 감지 키트 (프로브 캡처 방법) | 박테리아 음성 폐 결핵 및 뇌 결절에 대한 비 침습적 (액체 생검) 과민증 검출; 결핵 또는 비 투자 법관에 감염된 것으로 의심되는 사람들의 샘플은 고세 시퀀싱 메타 게노 믹스에 의해 분석되었으며, 결핵 또는 비 관전 혈관 박테리아가 감염되었는지 여부에 대한 검출 정보와 미카 박테리아 결핵성 약물 내성 정보의 주요 1 라인 약물 내성 정보를 검출했습니다. 제공되었습니다. | 말초 혈액, 폐포 세척액, Hydrothorax 및 복수, 초점 천자 샘플, 뇌척수액. | 2 세대 |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium 타이핑 및 약물 내성 검출 키트 (다중 증폭 시퀀싱 방법) | MTBC 및 187 NTM을 포함한 Mycobacterium 타이핑 테스트；Mycobacterium tuberculosis의 약물 내성 검출은 약물 내성 유전자의 13 개의 약물과 16 개의 핵심 돌연변이 부위를 포함합니다. | 가래, 폐포 세척액, Hydrothorax 및 복수, 초점 천자 샘플, 뇌척수액. | 2 세대/3 세대 듀얼 플랫폼 |
하이라이트 : HWTS-NGS-T001 Mycobacterium 타이핑 및 약물 저항 감지 키트 (멀티 플렉스 증폭 방법)
제품 소개
이 제품은 NTM 치료 지침에 일반적으로 사용되는 WHO TB 치료 지침, 마크로 라이드 및 아미노 글리코 시드에 설명 된 주요 1 차 라인 약물을 기반으로하며, 약물 내성 부위는 모든 약물 내성 관련 부위의 한 그룹을 모두 포함합니다. WHO Mycobacterium tuberculosis 복합 돌연변이 카탈로그 및 조사 및 통계에 따른보고 된 다른 약물 내성 유전자 및 돌연변이 부위 국내외에서 높은 득점 문학.
타이핑 식별은 중국 결핵 및 호흡기 질환 저널과 전문가의 합의에 의해 발표 된 NTM 지침에 요약 된 NTM 균주를 기반으로합니다. 설계된 타이핑 프라이머는 190 개 이상의 NTM 종 이상의 종을 증폭시키고, 시퀀스하고 주석을 달 수 있습니다.
표적화 된 멀티 플렉스 PCR 증폭 기술을 통해, 마이코 박테리아의 유전자형 유전자 및 약물 내성 유전자를 멀티 플렉스 PCR에 의해 증폭시키고, 검출 될 표적 유전자의 앰플 리콘 조합을 수득 하였다. 증폭 된 제품은 2 세대 또는 3 세대 고 처리량 시퀀싱 라이브러리로 구성 될 수 있으며, 모든 2 세대 및 3 세대 시퀀싱 플랫폼은 대상 유전자의 서열 정보를 얻기 위해 고차 시퀀싱을받을 수있다. 내장 참조 데이터베이스 (WHO Mycobacterium tuberculosis 복합 돌연변이 카탈로그 및 약물 내성과의 관계 포함)에 포함 된 알려진 돌연변이와 비교함으로써, 항-관-감체 약물의 약물 내성 또는 감수성과 관련된 돌연변이가 결정되었다. 매크로 및 마이크로 테스트의 자체 개봉 된 가래 샘플 처리 솔루션과 결합하여, 임상 가래 샘플의 낮은 핵산 증폭 효율 (전통적인 방법보다 10 배 높은)의 문제가 해결되어 약물 내성 시퀀싱 검출이 될 수 있습니다. 임상 가래 샘플에 직접 적용됩니다.
제품 탐지 범위
34약물 내성 관련 유전자18항 결핵 약물 및6NTM 약물이 검출되어 덮여졌다297약물 저항성 부위; 10 가지 종류의 mycobacterium tuberculosis 이상190NTM의 종류가 감지되었습니다.
표 1 : 18+6 약물+190+NTM의 정보
제품 이점
강력한 임상 적응성 : 가래 샘플은 배양이없는 자기 생성 제로 직접 감지 될 수 있습니다.
실험 조작은 간단합니다. 첫 번째 증폭 작업 라운드는 간단하고 라이브러리 구조는 3 시간 안에 완료되어 작업 효율성을 향상시킵니다.
포괄적 인 타이핑 및 약물 저항성 : MTB 및 NTM의 타이핑 및 약물 저항성 부위를 다루는 임상 문제, 정확한 타이핑 및 약물 내성 탐지, 독립적 인 분석 소프트웨어 지원 및 한 번의 클릭으로 분석 보고서 생성의 핵심 사항입니다.
호환성 : 주류 ILM 및 MGI/ONT 플랫폼에 적응하는 제품 호환성.
제품 사양
| 제품 코드 | 제품 이름 | 탐지 플랫폼 | 명세서 |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium 타이핑 및 약물 내성 검출 키트 (멀티 플렉스 증폭 방법) | Ont 、 illumina 、 mgi 、 salus pro | 16/96RXN |
후 시간 : 1 월 23 일